Świątynia pod wezwaniem Najświętszego Imienia Jezus, jedna z najwspanialszych sakralnych budowli późnobarokowej sztuki środkowoeuropejskiej, zachwyca harmonijnym połączeniem mistrzostwa architektury, rzeźby i malarstwa, wspartym na rzetelnej wiedzy artystów oraz emanującej z tego arcydzieła głębokiej i żywej religijności jego twórców. Ów splot sfery sacrum, sztuki i nauki (religio – ars – scientia) określa w historycznej perspektywie tożsamość kościoła jako integralnej części dawnego kolegium jezuickiego a od 1811 roku – Uniwersytetu Wrocławskiego.

Kościół Uniwersytecki zarówno w założeniach architektonicznych, jak i wystroju wnętrza stanowi przejaw austriacko-włoskiej kultury artystycznej. Zbiory muzyczne świątyni, ocalałe rękopisy i starodruki, pozwalają stwierdzić, iż wykonywano tu przede wszystkim dzieła wokalno-instrumentalne twórców kręgu austriacko-południowoniemieckiego. Cecha ta jest zgodna z ogólną tendencją, wedle której symfoniczna muzyka końca XVIII i XIX w. pozostawała we Wrocławiu, m.in. za sprawą wybitnego kompozytora Carla Ditters von Dittersdorfa, pod wpływami wiedeńskimi. Jednak w szczególny sposób zestrój stylu architektonicznego jezuickiej świątyni z rozbrzmiewającymi w niej dziełami, m.in.: W. A. Mozarta, J. Haydna, F. Schuberta, F. X. Brixiego, I. Assmayra, A. Diabellego, G. Albrechtsbergera i J. Gänsbachera czy wreszcie wybitnego wrocławskiego kompozytora J. Schnabla, w tej właśnie przestrzeni sakralnej tworzył przez stulecia doskonałą harmonię sztuk.

Owa emanacja kultury austriacko-włoskiej w repertuarze symfonicznym miała swój przeciwstawny kontrapunkt w muzyce organowej wrocławskich twórców XIX w., kształtujących romantyczną wyrazowość swoich utworów w połączeniu z inspiracją Bachowskiej polifonii, stanowiąc przeciwieństwo ówczesnej wiedeńskiej i austriacko-włoskiej muzyki organowej. Jednak właśnie te dwa nurty oraz istotne miejsce w szeroko rozumianej kulturze muzycznej badań naukowych zorientowanych historycznie, współtworzą fenomen tzw. Szkoły Wrocławskiej (Breslauer Schule).

Istotną cechą charakteryzującą Breslauer Organistenschule był kunszt improwizacji organowej. Do grona doskonałych improwizatorów zaliczali się zarówno katolicy, jak i protestanci: Friedrich Wilhelm Berner, Moritz Brosig oraz Adolph Hesse. Rezonans ich sztuki może obecnie zdumiewać. Kunszt improwizacji Bernera podziwiał F. Mendelssohn-Bartholdy. Brossig, reprezentujący neoromantyczny styl języka muzycznego, swoją twórczością, reformującą pierwotne idee cecylianizmu, inspirował prawdopodobnie Antona Brucknera. Hesse współtworzył tradycję francuskiej sztuki wykonawczej, przekazywaną kolejno przez swojego belgijskiego ucznia, Jacquesa Nicolasa Lemmensa, następnie Felixa Alexandre’a Guilmanta, Charlesa Marie Widora i Marcela Dupré.

W kontekście wspaniałej tradycji sakralnej sztuki muzycznej Wrocławia i Kościoła Uniwersyteckiego, wciąż stosunkowo niewiele wiadomo o organach i organistach tej świątyni. Za usytuowaną na emporze organowej orkiestrą anielską, imponującą dynamiką przedstawianych postaci, znajduje się instrument, który skrywa nadal wiele tajemnic. Według umowy z 4 kwietnia 1700 r., Ignatius Mentzel miał wykonać organy dobrze brzmiące (Wohlautendes und gutt Orgelwerck) o 11 głosach w klawiaturze ręcznej i 5 w klawiaturze nożnej. Organy zostały w znacznym stopniu przebudowane w 1756 r. przez Franza Josepha Eberhardta. Instrument najprawdopodobniej podzielony został wówczas na 3 sekcje: dwie klawiatury ręczne i klawiaturę nożną. W wyniku sekularyzacji świątynia stała się własnością państwową. Nie wiadomo, co stało się jednak z organami. W 1819 r. gmach kościoła okazał się zbyt obszerny na użytek gimnazjum i uniwersytetu i przekazany został parafii św. Macieja. Na skutek odpowiedniej umowy (Tauschvertrag), organy z kolegiaty św. Macieja (Stiftskirche) przeniesione zostały do kościoła Najświętszego Imienia Jezus. Wspaniale wkomponowany we wnętrze świątyni, choć zaskakująco niewielki jednosekcyjny barokowy prospekt instrumentu, polichromowany i częściowo złocony, o wklęsło-wypukłym, przełamującym się konturze, może nie być zatem – jak się powszechnie sądzi – dziełem warsztatu Mentzla lecz Johanna Christiana Benjamina Müllera, który miał zbudować organy dla kościoła św. Macieja na krótko przed ich rzekomym przeniesieniem do Kościoła Uniwersyteckiego.

W 1926 r. firma W. Sauer/O. Walcker wykonała nowy instrument o romantycznej estetyce brzmienia z zastosowaniem pneumatycznego systemu (Taschenlade), umieszczając go w barokowej szafie organowej. Szacunek dla zabytkowego prospektu oraz umiejętność skonstruowania dużego romantycznego instrumentu, o wyjątkowych walorach brzmieniowych, w małej szafie organowej, świadczy o mistrzostwie budowniczych. 43- głosowy instrument o trzech klawiaturach ręcznych i jednej nożnej, wyposażony w wolno stojący kontuar, charakteryzuje unikatowe, szlachetne brzmienie głosów o subtelnej intonacji i niepowtarzalnym kolorycie. Artyzm koncepcji brzmieniowej oraz szerokie możliwości wykonawcze, zwłaszcza muzyki XIX i XX w., stawiają organy Kościoła Uniwersyteckiego w rzędzie najwspanialszych dzieł budownictwa organowego o estetyce romantycznej na Dolnym Śląsku. Przygotowywane obecnie prace renowacji organów oraz częściowej rekonstrukcji niewielkiej sekcji głosów, poddanej w latach powojennych barokizacji, pozwolą zapewne rozwiać nimb tajemnicy, okrywający ich historię oraz przywrócić dawny blask „króla instrumentów”.